Renesansowe tabernakulum mieści się z boku głównego ołtarza, na ścianie północnej, około 2 metrów nad posadzką kościoła. Jest to tabernakulum przyścienne, rzeźbione w piaskowcu, pochodzące z czasów fundatora świątyni i tabernakulum zarazem - Piotra Kmity III. Tabernakulum stanowi przyścienny jakby pomnik typu wiszącego wsparty na dwóch konsolach. Od frontu nałożono na siebie w kolejności trzy elementy architektury klasycznej. Największy ma kształt stojącego prostokąta flankowanego pilastrami o kapitelach na wzór głowic korynckich. Na pilastrach spoczywa pełne belkowanie z architrawem, fryzem i gzymsem. Na fryzie biegnie napis " Ecce Panis Angelorum MDXXXXIIII " - "Oto chleb aniołów 1544". Belkowanie wieńczy dekoracja wpisana w wycinek łuku. Na dekorację składa się uskrzydlona główka anioła wraz z motywem roślinnym. Pomiędzy pilastrami umieszczono drugi element - fronton greckiej świątyni, w której z kolei mamy następne dwa pilastry, tym razem z głowicami jońskimi. W polu trójkątnego przyczółka frontonu znajduje się tarcza herbowa z literami "PK". Trzecim elementem architektury jest obramowanie drzwiczek tabernakulum, które flankują z obu stron szerokie węgary, na nich poprzeczną wstęgą przebiega fryz, a na fryzie spoczywa półkoliste zwieńczenie. Zwieńczenie owo daje wrażenie głębokiego sklepienia świątyni pokrytego kasetonami. Półkolistą przestrzeń nad drzwiczkami wypełnia podobizna Ducha świętego - gołębica, natomiast pozostałe narożne pola zdobią znów uskrzydlone anielskie główki. Drzwiczki do tabernakulum są metalowe, kute w żelazie z rozetkowymi nakładkami o charakterze ukośnej kratki. Tabernakulum zostało wykonane prawdopodobnie przez jednego z włoskich rzeźbiarzy pracujących w tym czasie na Wawelu, jednak autor nie jest znany z imienia.

Rzeźba kamienna pochodząca z XVII wieku, przeznaczona początkowo do kaplicy południowej, została jednak przeniesiona do nawy głównej, tuż obok wejścia do kaplicy, po lewej stronie. W czasie kolejnych prac przeniesiono chrzcielnicę w prawy róg, obok ołtarza głównego. Chrzcielnica została wykonana na wzór kielicha wspartego na trzonie złożonym z dwóch kwadratowych kostek z wstawionym pomiędzy nie wrzecionowatym fragmentem kolumny. Chrzcielnica posiada kanelowaną czaszę. Całość kompozycji stoi na podstawie przypominającej kształtem okrągły kamień młyński.

Dwa najstarsze epitafia znajdują się na środku nawy głównej, po stronie północnej i południowej i zostały poświęcone zmarłym proboszczom parafii piastującym swój urząd w XIX wieku: ks. Sebastianowi Szafrańskiemu (zmarły w 1836 roku) oraz ks. Wincentemu Świetlińskiemu (zmarły w 1870 roku). Są to prostokątne tablice kamienne. Epitafium poświęcone ks. Szafrańskiemu zakończone jest u góry krzyżem, ustawionym na półkolistej podstawie z kielichem i hostią u stóp. Epitafium poświęcone ks. Świetlińskiemu ma dekoracyjne wcięcia we wszystkich bokach i zdobiło grób kapłana na starym cmentarzu w Wiśniczu. Z cmentarza przeniesiono tablicę w 1984 roku do kościoła.

Kolejne dwa, nowsze epitafia znajdują się w przedsionku kościoła i również poświęcone są proboszczom parafii - ks. Antoniemu Gawędzie i ks. Stanisławowi Jakubasowi

Ambona o renesansowym charakterze znajduje się przy ścianie północnej w połowie nawy, obok kaplicy. Na ambonę zbudowaną z kosza i baldachimu prowadzi wejście z zakrystii. Ośmioboczny kosz zakończony jest odwróconą ośmioboczną kopułą. Również baldachim ambony stanowi ośmioboczna kopuła ustawiona w normalnej pozycji, zwieńczona spłaszczoną kulą z krzyżem.

Stacje drogi krzyżowej przedstawiające sceny z męki Chrystusa zostały namalowane olejno na płótnie. Poszczególne sceny zostały wzbogacone o barwne tło przedstawiające architekturę, pejzaż jerozolimskiej ulicy czy Kalwarii. Wszystkie stacje drogi krzyżowej oprawione są w identyczne pseudogotyckie oprawy o charakterze architektonicznym (elementy takie jak: kolumienki, pinakle, gzymsy) pochodzące prawdopodobnie z początku XIX wieku. Autorem obrazów jest Lugi Morgari, prawdopodobnie Włoch. Data powstania obrazów nie jest znana.

Zewnętrzna oprawa organów (prospekt) o charakterze renesansowym przypomina od frontu cztero skrzydłową szafę lub kredens. W poszczególnych lach rozmieszczone są pionowo cynowe piszczałki. Instrument jest dziesięciogłosowy i został zakupiony do parafii w roku 1883.

Empora chóru muzycznego składa się z drewnianej balustrady opartej na sześciu kamiennych konsolach i przebiega przez całą szerokość nawy. Empora tworzy pięć segmentów, z których dwa skrajne są szerokie, a trzy środkowe zwężają się w szybkim tempie, tworząc dekoracyjną podstawę dla prospektu organowego. Empora powstała prawdopodobnie w latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XIX wieku.

Neogotycki konfesjonał pochodzi prawdopodobnie z końca wieku XIX. Elewację frontową stanowi arkada zakończona łukiem w kształcie oślego grzbietu, a w jej zakończeniu i po bokach znajdują się szpiczaste pinakle. Daszek szafy konfesjonałowej nakrywa zaznaczona w drewnie dachówka. Konfesjonał zdobią dodatkowo ażurowe skrzydła boczne oraz ażurowe drzwiczki zasłaniające spowiednika.

Dzwon, pochodzący z roku 1545, został ufundowany przez Piotra II Kmitę. Herb i inicjały fundatora oraz jego dwóch kolejnych żon (Anny Górki i Barbary Herburtówny) można odnaleźć na dzwonie. Dzwon ten jest jednym z czterech ufundowanych przez Piotra Kmitę i umieszczonych pierwotnie w kościele. Zabytek, ze względu na pęknięcia, spoczywa obok kościoła na specjalnie przygotowanym cokole. Obecnie na wieży kościoła znajdują się dwa inne dzwony, odlane w 1924 roku.